Si al realizar un proyecto Web en la propiedad de VirtualDirectory de la Carpeta de aplicación Web se establece el nombre del Proyecto, por ejemplo AplicacionWeb1, y se ejecuta este instalador, la instalación se realizará por defecto en la ruta del Inetpub en el wwwroot creandose la carpeta AplicacionWeb1.
Si se desea que el proyecto este en una ruta diferente, lo primero que hay que hacer es establecer la ruta donde se desea que esté el proyecto y crear una carpeta con el nombre AplicacionWeb1 y configurarlo como un Sitio Web predeterminado.
Así, cuando el instalador se ejecute reconocerá que existe esta carpeta web, y la instalación se realizará en la ruta establecida.